入侵水生物种对海洋生态系统构成了重大威胁，航运被认为是将物种引入新环境的主要途径。在过去的几十年里，随着贸易和运输量的扩大，尤其是钢质船体的引入，使得船舶可以使用水而不是固体材料作为压载，这个问题也随之加剧。在世界许多地区，新物种的引入带来了毁灭性的影响。相关数据显示，生物入侵的速度正以惊人的速度增长。

1992年在里约热内卢举行的联合国环境与发展会议(UNCED)之后，国际海事组织(IMO)发起谈判，考虑制定一项具有国际约束力的文书，以解决船舶压载水中有害水生生物和病原体转移的问题。1994年，MEPC建立了压载水工作组，致力拟定一份独立的船舶压载水和沉积物控制与管理公约。

有害水生生物和病原体引入新环境已被确定为世界海洋面临的四大威胁之一（其他三个是：陆源海洋污染、海洋生物资源的过度开发和栖息地的破坏），2002年，在约翰内斯堡举行的世界可持续发展峰会呼吁各级采取行动，加快采取措施，解决压载水中的入侵水生物种问题。

妥善控制和管理船舶压载水已成为IMO和全球航运业面临的重大环境挑战。2002年11月，理事会第89次会议批准了2004年初召开外交会议。2003年12月，IMO第23届大会通过了理事会的决定。2004年2月9日至13日，IMO在伦敦总部举行了国际船舶压载水管理会议。会议通过了《船舶压载水和沉积物控制与管理公约》(《压载水管理公约》)以及四项会议决议。该公约已于2017年9月8日生效。

根据《公约》的规定，所有国际航行船舶都必须根据特定船舶的压载水管理计划，按照一定的标准来管理压载水和沉积物。所有船舶还必须携带压载水记录簿和国际压载水管理证书。IMO还制定了一系列的指南，以促进《公约》的实施。 

该公约分为公约条款和附则两部分，附则部分又包括船舶压载水和沉积物控制管理条款的技术标准和要求。